A lenda começa quando a princesa Zelda é condenada ao sono perene após ser cometida por uma maldição de um feiticeiro chamado Ganondorf. O Rei impõe então que todas as princesas descendentes deveriam se chamar Zelda. Inicia-se assim, com o enredo de Ocarina of Time (1998, N64), a lenda. Ao final do episódio, a princesa Zelda, com o auxílio dos seis grandes sábios, cria um universo paralelo ao reino de Hyrule, onde Ganondorf é aprisionado e o portal para esse mundo é selado. Meses após os acontecimentos de Ocarina of Time, Link tem sua égua Epona roubada, e seguindo o ladrão, acaba por adentrar em um reino desconhecido, chamado de Termina, e lá descobre que a lua irá colidir com o mundo em três dias. Inicia aí o enredo de Majora's Mask. Ao que parece, a cronologia de Twilight Princess se desenrola uma era após os acontecimentos das versões do N64, onde Ganondorf, aliado ao Feiticeiro Zant, de Twilight Realm, quebra o selo que divide o mundo de Hyrule com o mundo das sombras, e tenta fundi-los em uma só dinastia, onde os dois seriam os soberanos. Aqui, Link recebe o auxílio de Midna, princesa de Twilight Realm, e ao que parece, uma sombra do que Zelda representa para Hyrule, ao derrotar Ganondorf com a ajuda de Zelda, o feitiço é quebrado e Midna reassume a sua verdadeira forma de princesa. Com relação às cronologias de Wind Waker e Phantom Hourglass, sabe-se que se passam eras após o ocorrido em Ocarina of Time e Twilight Princess, onde Hyrule foi tomada por uma inundação e os presságios de um herói do tempo que usava trajes verdes é passado de geração a geração. Aqui, Ganondorf, que novamente conseguira romper o lacre que o prendia ao universo paralelo, passa a raptar todas as garotas que possuíam orelhas de Hylian, pois desconfia que Zelda se esconde por trás de um disfarce. Quando um pássaro gigante a seu comando rapta a irmã de Link, Arryl, a história se desenrola.
